依本法辦理之地上權登記，除其他法令另有規定者外，依下列規定辦理：
一、協議設定地上權者，應由民間機構檢具相關文件向管轄土地登記機關辦理地上權設定登記或辦理他項權利內容變更或塗銷登記。
二、依本法徵收取得之地上權，直轄市或縣（市）政府應於補償完竣後三十日內囑託管轄土地登記機關辦理地上權登記。已登記之他項權利與地上權登記空間範圍重疊者，直轄市或縣（市）政府應一併囑託管轄土地登記機關辦理他項權利內容變更或塗銷登記。
三、穿越土地之上空者，於附表一補償率對應之級距自低限為起點以上部分全部登記地上權；穿越土地之地下者，以附表二補償率對應之級距自淺限為起點以下部分全部登記地上權。