生技醫藥公司投資於全新機械、設備或系統之支出，申請適用本辦法之投資抵減者，應自投資年度起至抵減年度止，於辦理各該年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並依下列期限及程序辦理：
一、應於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附前條規定之文件，送請所在地稅捐稽徵機關核定其得適用投資抵減之支出數額。
二、自有應納營利事業所得稅之年度起，應於辦理該年度營利事業所得稅結算申報時，就各投資年度之支出金額分別擇定第五條第一項規定之抵減方式，送請所在地稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額；申報無應納營利事業所得稅額，經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額者，應自核定稅額通知書送達之次日起六個月內，依規定格式填報並擇定抵減方式，送請所在地稅捐稽徵機關核定其抵減稅額。抵減方式一經擇定不得變更。
三、抵減當年度營利事業所得稅時，應按投資年度順序，依序抵減。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
生技醫藥公司於辦理投資年度或擇定抵減方式年度之營利事業所得稅結算申報時，未於第一項規定期限內，依規定格式填報者，不得適用本辦法之投資抵減；其餘年度未於第一項規定期限內，依規定格式填報，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，該年度不得適用投資抵減。
生技醫藥公司依第一項規定填報之資料如有疏漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，稅捐稽徵機關應不予受理。