水利防災組掌理事項如下：
一、水利防災制度與規範之擬訂及推動。
二、水（旱）災災害防救業務計畫之擬訂、水利防災技術研究發展之規劃及執行。
三、水利防災教育訓練之推動與所屬機關、直轄市及縣（市）政府防汛器材檢查、整備及演練之督導。
四、水利防災預警系統之建置及維護。
五、水利災害緊急應變體系、應變作業之規劃與執行、因應複合型災害引發水災之應變規劃及配合複合型災害應變作業之執行。
六、人工增雨作業之執行。
七、全台淹水潛勢圖之繪製、公開及更新。
八、水（旱）災害統計彙整及防災年報彙編。
九、其他有關水利防災事項。