依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之生技醫藥公司，其申報之支出，經查明有虛報不實情事者，依所得稅法及稅捐稽徵法有關逃漏稅處罰之規定處理。
經稅捐稽徵機關查核有虛報或浮報研究與發展支出適用投資抵減，致短繳自繳稅款而核定補繳者，應自當年度所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納補徵稅款之日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收；公司自查獲之次年度起，應事先提出研究與發展計畫，報請本部邀請生技醫藥公司審定辦法第二條第二項規定機關代表及學者專家認定符合第三條所列之費用，始得依第五條規定申請適用投資抵減。
有下列情形之一者，應由稅捐稽徵機關追繳生技醫藥公司已依本條例第五條規定抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：
一、依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函者，自始不得投資抵減。
二、依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函者，自不符合該辦法第二條第一項第一款或第二款各目情形之一之年度起不得投資抵減。