總務室掌理有關印信、文書、庶務、出納、企劃、考核、公共關係等事項
。分設八股，各股之職掌如左：
一、機要股：
(一) 本局機要案件之處理。
(二) 本局機密文件之收文及發文處理。
(三) 本局英文函件之處理。
(四) 本局各單位簽、稿之陳核事宜。
(五) 典守印信事宜。
(六) 編製本局中英文書面簡報。
(七) 籌辦本局業務檢討會及不屬於其他單位之重要會議。
(八) 上級長官暨監委蒞本局巡察之準備事宜。
(九) 其他臨時交辦事項之處理。
二、文書股：
(一) 本局文書之總收發。
(二) 本局文書之繕印及校對。
(三) 其他例行文書事項之處理。
三、事務股：
(一) 勞工各項保險。
(二) 財產管理。
(三) 物口採購。
(四) 車輛管理。
(五) 技工、工友管理。
(六) 辦公處所管理。
(七) 宿舍管理。
(八) 集會管理。
(九) 員工互助案件之審核與核發。
(十) 員工置屋貸款。
(十一) 制服管理。
(十二) 安全防護設備之管理。
四、出納股：
(一) 經費之出納。
(二) 出納帳務登錄、報表之編製及國庫核帳清單之核對。
(三) 零用金之保官、支付及請撥。
(四) 本局員工、工讀生薪資之發給及差旅費、加班費、獎金之發放。
(五) 所得稅扣繳申報事項。
(六) 退休人員三節慰問金之發放。
(七) 退押及退稅出納事項之執行。
(八) 員工福利金帳務處理。
(九) 員工互助會補助之申領。
(十) 其他出納福利事項之處理。
五、企考股：
(一) 年度施政計畫之編擬。
(二) 研究發展業務之推行。
(三) 分層負責辦事明細表及工作手冊修編之彙辦。
(四) 辦理通關業務時效考核，參與資訊作業內部稽核。
(五) 公文處理時效之管制及考核。
(六) 人民陳情案件之列管。
(七) 年度為民服務工作計畫之擬訂、推行、宣導、問卷調查、考核與受
核。
(八) 其他企考事項及上級交辦事項。
六、公共關係股：
(一) 宣導性書面簡報及幻燈簡報之製作。
(二) 關務新聞之發布。
(三) 來賓參觀訪問之安排與接待。
(四) 公務攝影及管理。
(五) 新聞媒體之聯繫。
(六) 輔導並協助商民辦理各項報關納稅手續。
(七) 解答有關通關法令及疑問難題。
(八) 其他各項關務服務及上級交辦事項。
七、檔案股：
(一) 本局收文之登記、影印與分送。
(二) 歸檔文卷之點收、整理、編案、保管。
(三) 檔案之調卷管理。
(四) 檔案之清理銷毀。
八、營繕股：
(一) 本局資本門新建工程之辦理。
(二) 本局修繕工程之辦理。
(三) 協助海港大樓管理委員會辦理修繕工程。
(四) 其他有關營繕事項。