本基金會就各類投資案件依下列程序辦理：
一、先就申請文件、申請目的、案件可行性及其他相關事項加以初審。
二、本基金會辦理投資案件之計畫界定、計畫準備、計畫評估及計畫核定等作業，得視案件需要，派員或延聘相關專業人員進行計畫界定、事實調查、評估及合約協商任務。各項作業得視案件需要合併辦理，亦得先行提報本基金會董事會討論辦理原則。
三、由本基金會秘書長或其授權人員邀集相關業務主管審核書面報告及擬議之投資方式，並視投資案件內容需要，於必要時邀請外部專業人員提供意見。投資案件通過審核者，提報本基金會董事會討論核定。
四、投資契約內容除投資幣別、金額、期限等基本條件及各項法律相關條款外，應一併定明其他如投資款項之撥付方式、重大事項之決議方法等涉及本基金會之重要權利義務事項。
五、本基金會得視案件需要，採行書面監督、派員或延聘相關專業人員進行監督任務；進行重大事項變更者，應提請本基金會董事會討論核定。
六、於投資案件執行期間，應定期將投資案件執行進度提報本基金會董事會備查，於投資案件執行完畢後六個月內，投資標的應提出結案報告。本基金會亦得視案件需要，派員或延聘相關專業人員進行計畫結案任務。
以合作投資方式進行之投資案件，經合作投資機構協助完成計畫評估者，免辦理前項第一款之初審及第二款程序，得直接進行書面報告審核，其餘程序依第三款至第六款規定辦理。
本基金會得編列預算辦理投資案件形成前必要之可行性研究、投資標的能力建構、整體藍圖規劃等技術協助。
前項技術協助，得委託專業機構辦理之。