依本法第三十條訂定之保護區管理保護計畫，應經審議會審議決議通過並會商有關機關後，由主管機關將計畫書圖公告於專屬網頁、網際網路或其他適當方法廣泛周知；其變更及廢止，準用之。
審議會審議保護區管理保護計畫時，得斟酌是否對於利害關係人之權益、水下文化資產及其脈絡產生重大衝擊，包括現在依賴該區域所進行之經濟活動、研究、教育或觀光休閒娛樂活動等相關權益、漁業權及原住民族文化、祭儀或符合永續利用之自用行為。
保護區管理保護計畫公告實施後，主管機關應每五年至少檢討一次，並以第十一條第一項及第二項各款規定為其檢討基準。