中小企業發展基金之來源如左：

前項第三款之捐贈，經主管機關之證明，依所得稅法之規定，准在當年度所得中減除，不受金額之限制。

為促進中小企業研發創新，中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限；一經擇定，不得變更：

供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在二年以上者，准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短二分之一計算折舊；縮短後餘數不滿一年者，不予計算。

第一項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由行政院定之。

中小企業得在不超過已收資本額一倍之限度內，保留盈餘，不予分配；超過以上限度而不分配者，就其每一年度再保留之盈餘，於加徵百分之十營利事業所得稅後，不受所得稅法之限制。

八十七年度及以後年度之保留盈餘，應依所得稅法規定辦理，不適用前項規定。

中小企業開發公司對成立未滿五年之中小企業投資，得經中央財政主管機關核准，按其投資總額百分之二十範圍內，提撥投資損失準備，供實際發生損失時充抵之。在提撥五年內若無實際投資損失發生時，應將提撥之準備轉作第五年度收益處理。

公司因解散、撤銷、廢止、合併或轉讓依所得稅法第七十五條規定計算清算所得時，依前項規定提撥之投資損失準備有累積餘額者，應轉作當年度收益處理。

為因應國際經濟情勢變化，促進國內中小企業投資意願及提升國內就業率，經濟景氣指數達一定情形下，新投資創立或增資擴展之中小企業達一定投資額，增僱一定人數之員工且提高該企業整體薪資給付總額時，得就其每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之百分之一百三十限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。

前項員工年齡在二十四歲以下者，得就每年增僱本國籍員工支付薪資金額之百分之一百五十限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。

中小企業於經濟景氣指數達一定情形下，調高基層員工之平均薪資給付水準時，得就每年非因法定基本工資調整而增加支付本國籍現職基層員工薪資金額之百分之一百三十限度內，自其增加薪資當年度營利事業所得額中減除。但因增僱員工所致增加之薪資給付金額已適用前二項規定者，不得重複計入。

中小企業於本條適用期間，不符合前三項要件，自不符合要件之年度起，依所得稅法規定計算其營利事業所得額及應納稅額。

第一項、第二項及第三項所定經濟景氣指數達一定情形、適用期間、投資額、增僱員工之對象及人數、企業整體薪資給付總額、基層員工範圍及平均薪資給付水準計算方式、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會同財政部定之。

本條中華民國一百零四年十二月十八日修正之第二項、第三項、第四項及第五項規定，自一百零五年一月一日施行至一百十三年五月十九日止，不適用第四十條但書之規定。