依本辦法規定申請投資抵減者，於同一課稅年度以申請一次為限。

申請人依所得稅法第二十三條規定經稅捐稽徵機關核准變更會計年度，並依所得稅法第七十四條規定辦理申報者，得不受前項同一課稅年度申請一次之限制，其於計算第七條第一項所定之支出總金額上限，應按變更前之營業期間占全年之比例認定之。營業期間不滿一個月者，以一個月計算。

前二項所稱申請，指依第十二條規定登錄本系統，並上傳投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關之證明文件，完成線上申辦作業為限；經本系統通知申辦完成者，不得再次申請或登錄修改。