偵查大隊掌理事項如下：
一、統合、支援及偵查命案、非法槍械、強盜、搶奪、新興詐欺、性侵害、毒品、竊盜、擄人勒贖、恐嚇取財、檢肅黑道幫派犯罪等重大、特殊刑事案件。
二、防爆業務工作之規劃、執行、督導考核，爆炸案件之支援、處理，爆裂物鑑定、蒐證與防爆裝備器材之規劃、研發及維護。
三、統合、支援及偵查重大、特殊詐欺、經濟犯罪刑事案件。
四、統合、支援及偵查重大、特殊資訊、網路犯罪刑事案件。
五、涉及跨境犯罪之重大、特殊刑事案件偵查及支援。
六、統合、支援與取締、偵查違反通訊傳播法令及相關犯罪案件。
七、協助處理違反智慧財產權保護相關法令之查緝。
八、其他各類特殊案件及交辦事項。