動物保護司掌理事項如下：
一、動物保護政策、法規與動物福利白皮書之規劃、研擬及管理。
二、動物保護生命教育推廣、志工培訓與非營利性組織公私協力之政策規劃、推動及監督。
三、動物保護行政人力專業職能培育與國際合作之政策規劃、推動及監督。
四、遊蕩犬貓族群控制、數量調查、收容管理與動物保護園區之政策規劃、推動及監督。
五、寵物繁殖、買賣、寄養、食品、新興產業等各事業之法規、管理與其消費者保護之政策規劃、推動及監督。
六、動物福利與飼主責任促進之政策規劃、推動及監督。
七、經濟動物生產、運輸、人道屠宰之動物福利政策規劃、推動及監督。
八、動物科學應用人道管理與機構查核、實驗動物倫理、動物福利科學試驗研究之政策規劃、推動及監督。
九、動物展演管理之政策規劃、推動及監督。
十、其他有關動物保護事項。