本部為應業務需要得設下列常設性任務編組；其內部組設及主管權責，另以設置要點定之：
一、法規會：辦理相關法制、訴願及國家賠償事項，置執行秘書一人，由適當人員擔任。
二、附屬醫療及社會福利機構管理會：辦理本部附屬醫療與社會福利機構之管理及監督事項，置執行長一人，由適當人員擔任。
三、衛生福利人員訓練中心：辦理衛生及福利人員訓練事項，置主任一人，由適當人員擔任。
四、國民年金監理會：辦理國民年金保險業務之監督及保險爭議事項之審議，置執行秘書一人，由適當人員擔任。
五、全民健康保險會：辦理全民健康保險費率、給付範圍之審議及醫療給付費用總額之協定分配事項，置執行秘書一人，由適當人員擔任。
六、全民健康保險爭議審議會：辦理保險人核定之全民健康保險爭議事項之審議，置執行秘書一人，由適當人員擔任。
七、國際合作組：辦理衛生福利國際、兩岸合作與相關國際組織參與之規劃及推動事項，置主任一人，由適當人員擔任。