營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業於自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，於本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行後，依該規定申請並經自由港區管理機關審查核准者，自一百零八年度起，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行時，外國營利事業或其設立之分公司已依修正前規定申請或尚未逾修正前規定申請期限，於該條修正施行後經自由港區管理機關審查核准者，屬一百零七年度及以前年度之所得，適用修正前規定；屬一百零八年度以後之所得，適用修正後規定。

本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行時，外國營利事業或其分公司已依修正前規定申請並經自由港區管理機關審查核准者，適用修正前規定，其免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。

前條第一項所定營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，依下列規定審查之：

前項第一款第三目規定準備或輔助性質之活動，應以營利事業在中華民國境內從事之營業活動（包括執行之功能、承擔之風險及使用之資產），就其境內、外整體營業活動而言非屬核心、必要及重要之活動判斷之。

自由港區管理機關為前二項規定之審查時，得洽詢產業中央目的事業主管機關或會商所在地稅捐稽徵機關。

營利事業申請適用第三條規定免徵營利事業所得稅者，應於所得年度之次一會計年度第三個月終了日前，依規定格式填報並檢附下列文件，向自由港區所在地之自由港區管理機關申請核發符合營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動於自由港區從事貨物採購、輸入、儲存或運送證明函，核准免徵期間最長為五年：

自由港區管理機關及稅捐稽徵機關審查前項第四款規定之文件時，對營利事業在中華民國境內從事之營業活動是否屬準備或輔助性質之活動存有疑義時，得請營利事業提示價值鏈貢獻分析及相關證明文件。

第一項第四款規定之計畫書及前項價值鏈貢獻分析，如提示會計師簽證報告，得予書面審核。

營利事業委託代理人申請者，應檢附授權書正本。

營利事業得就其銷售之個別貨物依第一項規定申請證明函，其經自由港區管理機關審查符合第四條規定在中華民國境內僅從事準備或輔助性質活動，且其就該貨物在境內從事之活動符合前條規定範圍並能明確計算銷售該貨物之所得者，得就個別貨物核發證明函。

自由港區管理機關核發第一項及前項規定證明函時，應註明免徵期間及副知主管機關、財政部賦稅署及所在地稅捐稽徵機關。

營利事業取得前條第一項證明函後，應如期辦理當年度營利事業所得稅結算申報，於申報時應依規定格式填報及檢附下列文件，向所在地稅捐稽徵機關申請免徵營利事業所得稅，當年度始得免徵：

前項申報表格之格式，由財政部定之。

營利事業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；屆期未補正者，稅捐稽徵機關不予受理。

營利事業在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人者，應報經稅捐稽徵機關核准，委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，代理申報納稅。

稅捐稽徵機關審核營利事業申報適用免稅之所得內容及其相關事項時，得請自由港區管理機關及各產業中央目的事業主管機關協助認定。

營利事業應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起一個月內，將第七條第一項第二款規定之租稅獎勵表提送自由港區管理機關。

自由港區事業應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起二個月內，將各該年度受營利事業委託從事本條例第二十九條第一項規定業務之營運績效資料提報自由港區管理機關。

自由港區營運機構應於辦理各年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起二個月內，將各該年度自由港區適用本條例第二十九條第一項規定之營運績效資料提報自由港區管理機關。

自由港區管理機關應於每年十月底前按其已收到之前三項資料，編製上年度適用本條例第二十九條第一項規定申報所得稅減免之成效評估報告送主管機關備查；其成效評估報告內容，應包括第一項所得稅減免金額及前二項實施效益相關資料。成效評估報告之申報所得稅減免金額與稅捐稽徵機關核定金額不符者，自由港區管理機關應修正成效評估報告後，送主管機關備查。