本處處長綜理處務，副處長襄理處務，並設左列各課室及人事、會計人員
：
一、企劃經理課。
二、工務建設課。
三、觀光遊憩課。
四、保育研究課。
五、解說教育課。
六、秘書室。
七、人事管理員。
八、會計員。

企劃經理課之職掌如左：
一、關於本處各項計畫之釐訂及規劃事項。
二、關於本國家公園區域內土地分區使用申請案件之審核事項。
三、關於本國家公園區域內管制規則之制定及釋示事項。
四、關於本處與各有關機關之協調配合事項。
五、關於本國家公園區域內用地之取得事項。
六、關於申請興辦國家公園事業案件之審核監督事項。
七、關於國家公園法規蒐集研究整理及編纂事項。
八、關於違反國家公園法罰鍰之處理事項。
九、其他有關企劃經理事項。

工務建設課之職掌如左：
一、關於本國家公園區域內各項工程之規劃事項。
二、關於本國家公園區域內各項工程之測量設計事項。
三、關於本國家公園區域內各項工程之發包、施工及監督事項。
四、關於本國家公園區域內水土保持工程事項。
五、關於本國家公園自然災害之治理工程事項。
六、其他有關工程建設事項。

觀光遊憩課之職掌如左：
一、關於本國家公園區域內遊憩區之經營管理事項。
二、關於本國家公園區域內遊憩事業之推動、督導事項。
三、關於本國家公園區域內遊憩設施之維護管理事項。
四、關於本國家公園區域內環境整潔及秩序之維護改善事項。
五、關於各遊客服務中心、收費站之經營管理及督導事項。
六、關於本國家公園區域內登山許可證之發給事項。
七、關於本國家公園門票及公園設施收費標準之研訂及收費管理事項。
八、其他有關觀光遊憩事項。

保育研究課之職掌如左：
一、關於本國家公園區域內自然生態體系調查登錄與研究事項。
二、關於本國家公園區域內地形、地質、人文史蹟調查登錄與研究事項。
三、關於本國家公園區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計劃執
行事項。
四、關於本國家公園區域內森林之保育計劃研擬與實施事項。
五、關於本國家公園區域內自然景觀及人文史蹟之保護計劃研擬與實施事
項。
六、關於本國家公園區域內保育觀測研究站之管理事項。
七、關於本處圖書期刊資料之建立管理事項。
八、其他有關保育研究事項。

解說教育課之職掌如左：
一、關於本國家公園解說教育系統之規劃與研究事項。
二、關於解說教育資訊與生態資源解說專書之編印事項。
三、關於解說教育視聽媒體之設計及製作事項。
四、關於本國家公園自然資源、人文史蹟之解說展示事項。
五、關於解說人員專業訓練課程之策劃、執行、與合格證書之核發事項。
六、關於本國家公園生態保育活動之策劃與遊客解說服務事項。
七、關於本國家公園環境保育宣導計畫之研訂及執行事項。
八、關於本處各項美術設計及委託製作事項。
九、其他有關解說教育服務事項。

秘書室之職掌如左：
一、關於本處研考、公文時效管制、稽催及改進事項。
二、關於本處業務會議之協辦及處務會議紀錄事項。
三、關於本處公文之收發、繕校、用印、分發事項。
四、關於本處印信之典守事項。
五、關於本處機要文電之處理事項。
六、關於文件報告之編印、繕打事項。
七、關於本處文書、資料檔案之管理、保管事項。
八、關於本處土地、財產之登記、保管、報廢及管理事項。
九、關於購置定製物品、財產及其他採購事項。
十、關於本處員工薪資實物配給之請領、發放及有價證券及重要文件保管
事項。
十一、關於本處辦公廳舍及眷舍之修繕及分配管理事項。
十二、關於本處公務車輛設置標準及車輛購置調派維護、報廢管理事項。
十三、關於技工、工友、司機考核管理事項。
十四、關於公保費、勞保費、福利互助之計算及繳納事項。
十五、其他不屬各課室職掌之事項。

人事管理員、查核人員之職掌如左：
一、人事管理員之職掌：
(一) 關於本處組織編制及員額分配事項。
(二) 關於人事單行規章之擬訂事項。
(三) 關於本處職務列等及加強職位功能事項。
(四) 關於任免、遷調、銓審及俸給事項。
(五) 關於職員差假勤惰及品德生活之管理考核事項。
(六) 關於職員考績獎懲事項。
(七) 關於職員退休資遣及撫卹事項。
(八) 關於員工實物配給、房租津貼之核辦事項。
(九) 關於各項補助、 (互助) 津貼及福利、公務人員保險事項。
(十) 關於職員訓練進修及考察事項。
(十一) 關於員工及眷屬入出境之辦理事項。
(十二) 關於人事資料之登記管理事項。
(十三) 其他有關人事管理事項。
二、人事查核人員之職掌如左：
(一) 關於員工保防教育事項。
(二) 關於員工之進用、升遷、調免之忠誠調查事項。
(三) 關於員工忠誠資料之蒐集與處理事項。
(四) 關於機關安全維護工作之執行事項。
(五) 關於政治風氣資料之蒐集與處理事項。
(六) 關於公務機密維護檢查事項。
(七) 關於員工及眷屬出入境之查核事項。
(八) 其他有關保防及安全事項。

本處會計員之職掌如左：
一、關於本處歲入歲出、概算資料之蒐集編製事項。
二、關於預算之分配及執行事項。
三、關於會計報告之編製事項。
四、關於經費審核、收支憑證保管及報銷事項。
五、關於現金票據及財務檢查事項。
六、關於工程營繕、財物購置處理之監標監驗事項。
七、關於公務會計及統計編報事項。
八、關於會計人員管理事項。
九、其他有關歲計、會計及統計事項。