船舶入港至出港時，應懸掛中華民國國旗、船籍國國旗。

遇難或避難船舶，經航港局或指定機關會同有關機關檢查，具有下列情事之一，航港局或指定機關得拒絕入港：

一、載運之危險物品有安全顧慮。

二、載運染患傳染病或其可疑症狀之人，有影響國內防疫安全之虞，且該商港未具處置之能力。

三、船體嚴重受損或船舶有沉沒之虞。

四、其他違反法規規定或無入港之必要。

船舶入港，應依商港經營事業機構、航港局或指定機關指定之船席或錨地停泊。但有危急情況須作必要之緊急停泊者，得於不妨害商港安全之情形下停泊，事後以書面申述理由向商港經營事業機構、航港局或指定機關報備。

船舶在商港區域內發生海難或其他意外事故，船長應立即採取防止危險之緊急措施，並應以優先方法通報商港經營事業機構、航港局或指定機關，以便施救。

船舶在商港區域內，非經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意，不得施放信號彈、煙火或其他爆發物。如發生失火或緊急事故時，應鳴放汽笛及警鐘，日間並應懸掛警報旗號，夜間燃放信號彈、焰火或閃光。

船舶在商港區域內除為遵守航行避碰規定、警告危險或其他告急時所必需者外，不得任意鳴放音響或信號。

船舶應在商港經營事業機構、航港局或指定機關指定之地點裝卸貨物或上下船員及旅客。

船舶在商港區域內應緩輪慢行，並不得於航道追越他船或妨礙他船航行。

船舶在商港區域內停泊或行駛，應受商港經營事業機構、航港局或指定機關之指揮。

鄰近港口入、出口處之燈光位置及強度，有被誤認其為港口航行之燈光或損害港口航行燈光之能見度者，國際商港得由商港經營事業機構通報航港局同意後拆除之；國內商港得由航港局或指定機關拆除之。

進入商港管制區內人員及車輛，均應申請商港經營事業機構、航港局或指定機關核發通行證，並接受港務警察之檢查。

一、在海底電纜及海底管線通過區域錨泊。

二、養殖及採捕水產動、植物。

三、其他經航港局或指定機關公告之妨害港區安全行為。

商港區域內，不得為下列污染港區行為：

一、船舶排洩有毒液體、有毒物質、有害物質、污油水或其他污染物之行為。

二、船舶之建造、修理、拆解、清艙或打撈，致污染之行為。

三、裝卸、搬運、修理或其他作業，致污染海水或棄置廢棄物之行為。

四、船舶排煙、裝卸作業、輸送、車輛運輸或於堆置區，發生以目視方式，即可得見粒狀污染物排放或逸散於空氣中之行為。

商港區域內為下列行為者，應經商港經營事業機構、航港局或指定機關同意：

一、在水面設置標識，或在航路標識上，栓繫繩纜及船具。

二、在水面停放或拖運浮具或其他物料。

三、採取泥土砂石。

四、拆解船舶、於非修造船廠從事船舶修理。

五、在港區土地上放置船隻或物料。

六、敷設、變更或拆除給水、排水、石油、化學品、散裝貨等管道及電力、電信設備。

七、鐵路、道路之建築、修建或拆除。

八、疏濬工程或爆破作業。

九、施放救生艇或潛水。但因緊急救護或救難不在此限。

十、其他有關妨礙船舶航行安全或危害港埠作業、設施之行為。

第十五條至第二十條、第二十三條至第二十五條、第二十八條至第三十四條、第三十六條至第四十條有關船舶入出港、船舶在港停泊及停航、妨害港區安全行為、港區污染行為、妨礙商港設施、危險物品之裝卸、遇難或避難船舶之管理及船舶修理之管理等港務管理事項之規則，由主管機關定之。