專營電子支付機構應於內部控制制度中訂定經理人及相關人員違反本辦法或其所定內部控制制度規定時之處罰。

內部稽核人員及法令遵循主管對內部控制重大缺失或違法違規情事所提改進建議不為管理階層採納，將肇致所屬專營電子支付機構重大損失者，應立即作成報告陳核，並通知獨立董事及監察人或審計委員會，同時通報主管機關。

專營電子支付機構於主管機關檢查結束或收到檢查報告後，內部稽核單位應依重大性原則，即時通報董事及監察人，並提報最近一次董事會報告。報告事項應包括檢查溝通會議內容、主要檢查缺失、主管機關要求採行之重大缺失改善方案或可能採行之處分措施。