專營電子支付機構應建立內部稽核制度、自行查核制度、法令遵循制度以及風險管理機制，以維持有效適當之內部控制制度運作。

一、控制環境：係專營電子支付機構設計及執行內部控制制度之基礎。控制環境包括專營電子支付機構之誠信與道德價值、董事會及監察人或審計委員會治理監督責任、組織結構、權責分派、人力資源政策、績效衡量及獎懲等。董事會與經理人應建立內部行為準則，包括訂定董事行為準則、員工行為準則等事項。

二、風險評估：風險評估之先決條件為確立各項目標，並與專營電子支付機構不同層級單位相連結，同時需考慮專營電子支付機構目標之適合性。管理階層應考量專營電子支付機構外部環境與商業模式改變之影響，以及可能發生之舞弊情事。其評估結果，可協助專營電子支付機構及時設計、修正及執行必要之控制作業。

三、控制作業：係指專營電子支付機構依據風險評估結果，採用適當政策與程序之行動，將風險控制在可承受範圍之內。控制作業之執行應包括專營電子支付機構所有層級、業務流程內之各個階段、所有科技環境等範圍、對子公司之監督與管理、適當之職務分工，且管理階層及員工不應擔任責任相衝突之工作。

四、資訊與溝通：係指專營電子支付機構蒐集、產生及使用來自內部與外部之攸關、具品質之資訊，以支持內部控制其他組成要素之持續運作，並確保資訊在專營電子支付機構內部與外部之間皆能進行有效溝通。內部控制制度須具備產生規劃、執行、監督等所需資訊及提供資訊需求者適時取得資訊之機制，並保有完整之財務、營運及遵循資訊。有效之內部控制制度應建立有效之溝通管道。

五、監督作業：係指專營電子支付機構進行持續性評估、個別評估或兩者併行，以確定內部控制制度之各組成要素是否已經存在及持續運作。持續性評估係指不同層級營運過程中之例行評估；個別評估係由內部稽核人員、監察人或審計委員會、董事會等其他人員進行評估。對於所發現之內部控制制度缺失，應向適當層級之管理階層、董事會及監察人或審計委員會溝通，並及時改善。

一、組織規程或管理章則，應包括訂定明確之組織系統、單位職掌、業務範圍及明確之授權與分層負責辦法。

二、相關業務規範及處理手冊，包括：

（一）使用者及特約機構資料保密之管理。

（二）適用國際會計準則之管理、會計暨財務報表編製流程、總務、資訊、人事之管理。

（三）對外資訊揭露作業之管理。

（四）金融檢查報告之管理。

（五）金融消費者保護之管理。

（六）委外作業之管理。

（七）使用者及特約機構身分確認之管理。

（八）代理收付實質交易款項、收受儲值款項、國內外小額匯兌業務之管理。

（九）資訊系統及安全控管作業之管理。

（十）資訊單位及資訊系統使用單位權責劃分之管理。

（十一）重大偶發事件之處理機制。

（十二）防制洗錢及打擊資恐機制及相關法令之遵循管理，包括辨識、衡量、監控洗錢及資恐風險之管理機制。

（十三）其他業務之規範及作業程序。