鮪延繩釣漁船出港後，船長應每日透過主管機關指定之電子漁獲回報系統回報漁獲資料，並填寫主管機關指定之漁撈日誌；漁獲回報及填寫內容應詳實正確；無漁獲者，亦應回報及填寫。

電子漁獲回報系統與漁撈日誌記載之漁獲資料不一致時，以電子漁獲回報系統為準。

電子漁獲回報系統當日未能成功回報，經營者或船長應於次日傳真回報漁獲資料予主管機關或受託專業機構；其漁獲資料，應經經營者或船長簽名。

電子漁獲回報系統連續五日未能成功回報，視為電子漁獲回報系統故障，應在三十日內修復。

電子漁獲回報系統，當航次故障累計十五日以上者，主管機關得命令漁船立即停止作業，限期直航返回指定港口修復電子漁獲回報系統，並接受主管機關派員檢查，且電子漁獲回報系統經受託專業機構確認可正常回報資料，始得出港。

前項漁船返航、進港、電子漁獲回報確認等費用，由經營者負擔。

漁船捕獲長鰭鮪、劍旗魚或短鰭馬加鯊者，應於電子漁獲回報系統及漁撈日誌填報其作業位置。所填作業位置在北緯五度以北海域者，捕獲之漁獲種類視為北大西洋長鰭鮪、北大西洋劍旗魚或北大西洋短鰭馬加鯊；所填位置非在北緯五度以北海域者，視為南大西洋長鰭鮪、南大西洋劍旗魚或南大西洋短鰭馬加鯊。

漁獲物依前項規定視為北大西洋短鰭馬加鯊者，並應依第四十二條第二項規定辦理。

鮪延繩釣漁船未經許可，不得捕撈南方黑鮪；意外捕獲時，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。

配額限制魚種之單船許可配額用罄後，鮪延繩釣漁船再捕獲該魚種時，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。

鮪延繩釣漁船作業時發現海龜，應在可行範圍內將昏迷或無反應之海龜儘速帶上船，促進其復原，於復原後即放回海中。

鮪延繩釣漁船意外捕獲海龜、海鳥、鯨鯊、鯨豚、企鵝或主管機關公告之禁捕物種時，活體應釋放，屍體應丟棄，並應於漁撈日誌及電子漁獲回報系統填報釋放或丟棄物種之個體數目。

鮪延繩釣漁船捕獲鼠鯊、黑皮旗魚、大西洋雨傘旗魚、南大西洋短鰭馬加鯊、大西洋白旗魚及圓鱗旗魚，活體應釋放，並應記錄所釋放之重量及個體數目於電子漁獲回報系統及漁撈日誌。

捕獲前項魚種時已死亡之個體可留艙，並應於漁撈日誌及電子漁獲回報系統記錄留艙魚種之重量及個體數目。但鼠鯊及大西洋雨傘旗魚以外之魚種，其單船許可配額已用罄者，應即丟棄，並將丟棄量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。

自中華民國一百十四年一月一日起，南大西洋短鰭馬加鯊漁獲留艙之漁船，船上應有觀察員或電子監控系統以監測鯊魚狀況。

鮪延繩釣漁船捕獲無經濟價值或無使用價值之魚種，應即丟棄，並將丟棄數量填報於漁撈日誌及電子漁獲回報系統。

鮪延繩釣漁船因漁獲物腐壞需丟棄者，應於丟棄前通知主管機關丟棄魚種之數量及捕撈期間，並於丟棄後提供佐證資料以供查驗。

前項漁船丟棄之漁獲物屬配額限制魚種者，其丟棄數量仍應計算為配額使用量。

鮪延繩釣漁船單一航次電子漁獲回報與實際卸魚量之差值，應符合下列規定：

差值超過前項規定比率，而符合下列規定者，得視為電子漁獲回報與實際卸魚量相符：

前二項第一款及第二款之差值，依個別魚種分別計算；前二項第三款之差值，依二種魚種合併計算；前二項第五款之差值，鯊魚及其他魚種分別計算。

有下列情形之一者，為本條例第十三條第一項第十二款所稱之嚴重不實：

前項第一款及第二款之差值，依個別魚種分別計算；前項第三款之差值，依二種魚種合併計算；前項第五款之差值，鯊魚及其他魚種分別計算。