農田水利會置總幹事一人，襄助會長處理會務，其任免、遷調，應報主管機關核准。

會長請假或因故不能執行職務時，由總幹事代理之。

農田水利會內設組、室，最多不得超過八個。並依業務設工務、管理、財務、總務四組及人事、主計、輔導、資訊四室，組、室並得分股辦事。業務較簡之農田水利會得合併組、室或置專人辦理之。

農田水利會因業務需要，得報請主管機關核准，將總務組或資訊室併入其他組、室，並增設新組、室；新組、室名稱不受前項規定之限制。

農田水利會得置主任工程師一人、專門委員、組長、室主任、工程師、副工程師、助理工程師、工程員、管理師、副管理師、助理管理師、管理員、秘書、專員、副專員、組員、辦事員及技工各若干人。

農田水利會員額編制，以灌溉排水面積一百五十五公頃置一人為原則，由主管機關核定之。

本通則中華民國一百零一年二月一日修正施行前，原由直轄市主管機關主管之農田水利會（以下簡稱原直轄市農田水利會），除得置第一項各類人員外，並得置助理員；其員額編制，因業務需要，報經主管機關核准者，不受前項面積規定之限制，不得逾五十人。

前項規定，自中華民國一百零三年六月一日施行；自該日起始進用之技工、工友，不得陞遷為前項所定之助理員。

農田水利會編制內人員，除會長、總幹事、主任工程師、專門委員、組室主管外，其總員額比率如下：

原直轄市農田水利會總員額比率，因業務需要，報經主管機關核准者，不受前項比率規定之限制。

工作站之職掌如下：

工作站除第一項所列職掌外，得因需要辦理下列事項：

業務性質特殊之工作站，其職掌由農田水利會依據實際情形報請主管機關核定之。