本法有關登記、稽徵、免稅及退稅事項之規則，由財政部定之。

本法中華民國一百零六年四月二十一日修正之條文施行後，依第七條規定應徵稅額課徵之菸酒稅，屬應徵稅額超過每千支（每公斤）新臺幣五百九十元至一千五百九十元之稅課收入，撥入依長期照顧服務法設置之特種基金，用於長期照顧服務支出，不適用財政收支劃分法之規定。

本法施行前專賣之米酒，應依原專賣價格出售。超過原專賣價格出售者，按超過原專賣價格之金額，處一倍至三倍罰鍰。

菸品依菸害防制法規定應徵之健康福利捐，由菸酒稅稽徵機關於徵收菸酒稅時代徵之。

第三條至第六條及第三章關於菸酒稅徵收、納稅義務人、免稅、退稅及稽徵之規定，於菸品健康福利捐準用之。