管理機關辦理區域排水設施範圍內之使用許可時，其有關許可事項之審核基準、許可期限及其他管理事項，除本辦法另有規定外，準用河川管理辦法有關河川區域許可使用之規定辦理。

區域排水設施範圍內之使用行為如為防止危害公共安全緊急需要者，得先行為之，但應於三十日內補辦申請許可；管理機關並得於必要時命其採取適當之補救措施後始予許可。

申請排放廢污水使用者，其廢污水應符合水污染防治主管機關訂定之排放水質標準及較放流水標準加嚴之水質項目及限值，並附其同意排放或免申請證明文件。

申請許可使用，應經其他目的事業主管機關核發許可或核准文件者，管理機關得先行核發附停止條件之許可處分，使其得據以取得該等文件。其申請人未於六個月內取得者，該處分自始不生效力。但有特殊原因並經管理機關同意者，得延長之。