校務基金有關年度預算編製及執行、決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及其相關法令規定辦理。但校務基金來源為第三條第一項第二款所定自籌收入，不在此限。

國立大學校院應針對前項自籌收入自行訂定收支管理規定，並依第九條第二項所定辦法，受教育部之監督。

以國立大學校院名義設立之財團法人，其捐助章程明定由校長或校務行政主管為當然董事者，應定期提交財務報表及董事會會議紀錄予管理委員會。必要時，管理委員會得邀請擔任財團法人當然董事之校長或校務行政主管列席報告。

國立大學校院不得藉由前項財團法人，承攬公民營機關（構）委託之研究案或產學合作案。