報關業違反第五條第二項、第九條、第十一條、第十二條、第十三條第四項、第十五條、第十八條、第二十三條、第二十八條、第三十一條規定者，由海關依關稅法第八十四條第一項規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下之報關業務或廢止其報關業務證照。

報關業違反第十三條第一項至第三項、第二十五條、第三十條規定者，由海關依關稅法第八十四條第一項規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下之報關業務或廢止其報關業務證照；其負責人或授權掌理報關業務之經理人因而受有期徒刑一年以上宣告確定者，廢止其報關業務證照，不受處罰三次之限制。

報關業違反第十七條第二項、第三項、第十九條、第二十四條第一項及第三項、第二十四條之一、第二十七條規定者，由海關依關稅法第八十四條第一項規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正或違規情節重大者，得停止六個月以下之報關業務或廢止其報關業務證照。

專責報關人員違反第十七條第一項、第二十條第五項、第二十一條、第二十二條規定者，由海關依關稅法第八十四條第三項規定，予以警告或處新臺幣二千元以上五千元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之報關審核簽證業務或廢止其登記。

專責報關人員違反第二十條第三項、第四項規定或當月份執行第二十條第一項、第二項簽證業務發生錯單六次以上且其錯單率達百分之一者，由海關依關稅法第八十四條第三項規定，予以警告或處新臺幣二千元以上五千元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之報關審核簽證業務。