違反第十一條第一項規定，於海洋庇護區之緩衝區內，未經許可從事該項所定禁止行為者，處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。但原住民基於傳統文化、祭儀、生活所需之利用的行為，不在此限。

有下列情形之一者，處新臺幣一萬元以上十五萬元以下罰鍰：

一、違反第十二條規定，於海洋庇護區之永續利用區內，未經許可從事該條所定禁止行為。

二、違反第十四條第一項公告事項。

有下列情形之一者，處新臺幣二萬元以上十萬元以下罰鍰：

一、違反第十五條第二項規定，無正當理由規避、妨礙或拒絕海洋生物資源調查或海洋庇護區保育計畫實施。

二、違反第十六條第二項規定，無正當理由規避、妨礙或拒絕海洋保育觀察員執行觀察、監測或蒐集資料。

違反第二十條第二項規定，未經主管機關同意自行辦理復育措施者，處新臺幣五萬元以上十五萬元以下罰鍰。但原住民基於傳統文化、祭儀、生活所需之保育行為，不在此限。