動物所有人或管理人，於其動物因罹患或疑患動物傳染病或病因不明而死亡時，應向動物防疫機關報告；如在運輸中，應由運輸業者，向最初停止地之動物防疫機關報告。各該動物防疫機關接到報告時，應即派遣動物防疫人員前往驗屍，並指示燒燬、掩埋、消毒及其他必要處置。動物所有人或管理人要求時，應發給處置證明書。

屬於家庭副業之雞、火雞、鴨、鵝及其血緣相近之野生動物病死，數量在十隻以下者，其所有人得自行處理，不適用前項規定。但如遇動物傳染病流行時，直轄市或縣（市）主管機關得分區指定動物傳染病名稱及動物種類，隨時公告依前項規定處理，並應報請中央主管機關核備。

前項自行處理，係指以燒燬、掩埋或消毒等方式為之，不得銷售或任意棄置。

經中央主管機關指定公告之動物傳染病，中央主管機關對持有、使用相關感染性生物材料者，應建立管理制度。

持有、使用感染性生物材料者，應接受各級主管機關之輔導及查核，不得規避、妨礙或拒絕。

第一項感染性生物材料之範圍、持有與使用者之資格條件、實驗室生物安全管理方式、陳報主管機關事項及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

經中央主管機關指定公告之動物傳染病，其檢體之檢驗與報告及確定，應依下列規定辦理：

前項檢驗之委託、檢驗機構之資格要件、申請程序與效期、廢止與撤銷、檢體採樣、輔導、查核及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

直轄市或縣（市）主管機關，為防治動物傳染病之發生，得令動物防疫人員施行動物生體檢查、預防注射、投與疫苗、藥浴或投藥，對已執行之動物或場所得附加記號、標示或證明文件等防治措施。必要時，得委託執業獸醫師施行前述措施，動物所有人或管理人不得故意破壞、偽造所附加記號、標示或證明文件。

前項防治措施，直轄市或縣（市）主管機關得視動物傳染病種類，令動物所有人或管理人聘請執業獸醫師為之或在執業獸醫師監督下執行。

動物所有人或管理人對於前項規定不為或不能為時，直轄市或縣（市）主管機關得令動物防疫人員或委託執業獸醫師執行第一項防治措施，並得收取費用；其收費標準，由直轄市或縣（市）主管機關定之。

動物防疫人員或執業獸醫師依第一項及第三項規定施行防治措施時，動物所有人或管理人應依其指示，控制動物之行動及提供其他必要協助，並不得規避、拒絕或妨礙。

直轄市或縣（市）主管機關應於施行第一項及第二項措施十日前，將施行目的、日期、區域、方法及動物種類等有關事項先行公告。但因緊急情況時，得縮短其公告時間或隨時施行之。

為清除特定之動物傳染病，中央主管機關得規定使用疫苗之種類、投與時機、附加標示、應繳交及申報相關文件或移動管制及其他應施行之防治措施，動物所有人或管理人、獸醫師、獸醫佐及動物用藥品販賣業者應依規定辦理。

前項疫苗使用、標示、申報、管制、期限及其他應遵行事項，由中央主管機關依動物傳染病或動物種類定之。

直轄市或縣（市）主管機關，為防治動物傳染病之發生，必要時應指定區域，令動物所有人或管理人，實施飼養場所及設備之消毒、飼養環境之改善、動物之隔離及病媒之驅除等措施。

為預防動物傳染病之傳播，動物運輸業者應實施運輸車輛及裝載箱籠之清洗、消毒措施。

前項動物運輸業者實施之清洗、消毒措施，由中央主管機關公告之。

裝載生鮮禽蛋，應使用一次性之裝載容器或包材。

以死亡畜禽為原料（以下簡稱化製原料），加工化製之場所（以下簡稱化製場），應遵行下列規定：

化製原料運輸車裝卸、載運化製原料時，應符合下列規定：

第一項所定化製場消毒設施與設備之設置、項目、消毒作業、契約應記載事項、查核、通報、前項運輸車消毒設備、防漏密閉設備、合格證之核發、有效期限、黏貼、換證、廢止合格證、查核、通報、化製原料裝卸、載運作業及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。