核發太平洋黑鮪作業許可之優先順序如下：
一、第一順位：前一年度經中央主管機關許可從事捕撈太平洋黑鮪作業，有作業實績，且前一年度未有違反本辦法或捕撈太平洋黑鮪作業應行遵守及注意事項規定而受處分。
二、第二順位：漁船總噸位未滿一百，前五年間有捕撈太平洋黑鮪作業實績。
三、第三順位：漁船總噸位一百以上，前五年間有捕撈太平洋黑鮪作業實績。
四、第四順位：漁船總噸位未滿一百，前五年間未有捕撈太平洋黑鮪作業實績。
五、第五順位：漁船總噸位一百以上，前五年間未有捕撈太平洋黑鮪作業實績。
依前條規定申請之漁船船數超過第七條規定之船數限額，且不能以前項各款順位規定排定先後順序時，由中央主管機關以公開公平方式抽籤排定。