區內事業應指定至少二名具有高中（職）以上畢業或同等學力，及經經濟部產業園區管理局（以下簡稱園管局）或分局、海關或海關審查通過之民間機構舉辦保稅業務人員講習，取得結業證書之保稅業務人員，辦理保稅業務，並報請海關核准後，由海關副知園管局或分局。

前項保稅業務人員應辦理下列各項業務：

區內事業之貿易業，如輸出入之貨品全部進儲區內保稅倉庫者，得委由保稅倉庫所指定之專人辦理前項各款業務，免依第一項規定辦理。

第二項之保稅業務，海關、園管局或分局得派員隨時抽查或複驗；如經發現未據實記載或辦理者，依本條例第三十三條或海關緝私條例規定辦理。

區內事業於辦妥公司登記或商業登記，並向海關申請取得監管編號後，始可輸入保稅貨品。

區內事業未辦妥公司登記或商業登記前，得憑園管局投資案核准函，由海關核給臨時監管編號，輸入相關自用機器、設備或原料，並向海關繳納進口稅款保證金，辦理通關手續；其保證金，於辦妥公司登記或商業登記並由海關核准監管後，向海關申請退還。

區內事業輸出入下列貨品者，得經海關核准，自行點驗進出區（廠）：

前項第四款所稱特定條件，由園管局會商海關公告之。

區內事業依前條規定辦理貨品出區（廠）時，應由區內事業報經海關核准之保稅業務人員依規定填具園區貨品出區（廠）放行單，經自行點驗後放行，放行單由保稅業務人員留存，以備海關及園管局或分局於必要時查核。

前項放行單，應先報請海關驗印後依號碼順序開具；如經海關核准以電腦列印或電子媒體作業者，免予驗印，其號碼序號之使用，應先向海關申請備查，公司存查聯得以電子媒體儲存備查。

第一項貨品，除依規定須事先報經海關複核文件或查驗者外，如屬須填具報單申報者，得先憑交易憑證、裝箱單及其他相關文件，自行點驗後進出區（廠）登帳，並按月彙報。

按月彙報案件，應以最後一批貨品進出區日期視同輸出入日期，於次月十五日前填具報單，向海關辦理通關手續。

第二項規定之放行單以電子媒體作業者，應記載簽名、日期，並保留修改紀錄。

區內事業應於向海關辦理接管盤存或製造新產品後一個月內，且產品未出區前，造具各種產品單位用料清表（以下簡稱用料清表）一式二份，送海關備查；必要時，海關得予查核，並得要求提出製造程序說明書等相關文件；用料清表未送海關備查，而產品已先行出區者，不予除帳。但產品如為樣品，或因特殊原因，已於出區前檢附相關證件，向海關申請報備，並於出區之翌日起一個月內送海關備查者，不在此限。

海關應於收到用料清表備查後，將其中一份發還區內事業作為核銷保稅帳冊之依據，一份留存海關。

區內事業原送之用料清表如有變動，應於變動後另造新表，列明原向海關備查或核准文號送海關備查；其造送期限，準用第一項規定辦理。

區內事業所使用之原料，其性質及功能相近而可相互替代流用者，應於用料清表上列明，並送海關備查後，方得於年度結算時合併計算。

區內事業產品核銷保稅原料，按用料清表經備查或審定之應用數量除帳；生產過程中所產生之下腳及廢料，未在用料清表用料量中另列有損耗率或未經核准者，經園管局或分局、海關及稅捐稽徵機關會同監毀後，得核實沖銷保稅原料帳。

用料清表之適用期限，為自海關核准日起三年；其期限屆滿前，應由區內事業重新造送海關備查。

用料清表得經海關核准以電子媒體錄製申報。

區內事業之保稅貨品，屬研發使用之原料或物（燃）料，或因情形特殊不易收集報廢之物（燃）料，除屬未經公告准許輸入之大陸地區物品外，合於下列規定之一者，得以書面或電子資料傳輸方式向海關申請核准，憑領用數除帳：

經核准憑領用數除帳之原料或物（燃）料，區內事業應將領用紀錄保存三年供海關、園管局或分局隨時查核。經查核發現未於合理期間使用之原料或物（燃）料，應繳庫登列保稅帳冊管理。

第一項之原料或物（燃）料輸往課稅區時，仍屬有利用價值且能變價者，應按出廠型態報關繳納關稅、貨物稅、營業稅；如符合科技產業園區區內事業之廢品下腳處理辦法規定者，應向園管局或分局申請，依該辦法及相關規定辦理。