本條例用詞，定義如下：
一、漁撈作業：指探尋、誘集、捕撈海洋漁業資源，載運、卸下、儲存、加工、包裝漁獲物或漁產品，或提供補給之行為。
二、漁船：指從事漁撈作業之船舶。
三、遠洋漁業：指使用漁船於公海或他國內水、領海或專屬經濟海域（以下簡稱管轄海域），從事漁撈作業之行業。
四、海洋漁業資源：指可供漁業利用之海洋生物資源。
五、經營者：指經營遠洋漁業者。
六、從業人：指漁船船員及其他為經營者捕撈、卸下或運搬漁獲物或漁產品之人。
七、遠洋漁業相關業者：指從事遠洋漁業漁獲物或漁產品加工、運送、倉儲、買賣、代理銷售或出口之相關業者。
八、國際漁業組織：指我國參與之依國際條約或協定所成立之國際漁業管理組織、區域或次區域漁業管理組織。
九、養護管理措施：指國際漁業組織為保育管理海洋漁業資源所通過並生效具約束力之建議或決議案。
十、海上轉載：指於港區範圍以外之海域，將漁獲物或漁產品從漁船或漁船以外船舶轉移至其他漁船或漁船以外船舶之行為。
十一、港內轉載：指於港區範圍內之海域，將漁獲物或漁產品從漁船或漁船以外船舶轉移至其他漁船或漁船以外船舶之行為。
十二、港口卸魚：指於港區範圍內之海域卸下漁獲物或漁產品之行為。
十三、觀察員：指由主管機關、國際漁業組織或漁業合作國指派在漁船觀察、執行查核、蒐集資料、採取生物體標本等任務之人。
十四、非法漁撈作業：指下列情形：
（一）漁船在國家管轄海域內，未經許可或違反該國法令從事漁撈作業。
（二）國際漁業組織會員國之漁船，違反該組織之養護管理措施，或違反國際法有關規定從事漁撈作業。
（三）國際漁業組織合作非會員國之漁船，違反該國法令或國際義務從事漁撈作業。
十五、未報告漁撈作業：指下列情形：
（一）從事違反船籍國法令規定，未向該國主管機關報告或虛報之漁撈作業。
（二）從事違反國際漁業組織報告程序，未向該組織報告或虛報之漁撈作業。
十六、不受規範漁撈作業：指下列情形：
（一）無國籍漁船、非國際漁業組織會員國或捕魚實體之漁船，在國際漁業組織適用海域內，從事違反該組織養護管理措施之漁撈作業。
（二）以違反國際法賦予國家養護海洋漁業資源責任之方式，於未實施養護管理措施之海域從事漁撈作業或捕撈未實施養護管理措施之海洋漁業資源。
十七、船籍國：指船舶有資格懸掛之國旗所屬國家。
十八、專屬經濟海域：指鄰接領海外側至距離領海基線二百浬間之海域。