服替代役之申請及甄選作業程序如下：
一、核定員額：主管機關於每年二月底前審查需用機關提出之替代役類別及員額需求，報請行政院核定。
二、公告：主管機關依行政院核定替代役類別及員額，擬定替代役甄選簡章，並公告之。
三、申請：由役男或其代理人於公告申請期間，檢具有關證明文件，向戶籍所在地鄉（鎮、市、區）公所提出。經受理後，於核定之日前暫不徵集。
四、甄選：於公告後二個月內完成。申請人數在核定員額內時，逕予核定；逾核定員額時，以抽籤決定之。
前項作業得由主管機關依實際需要於當年內分次辦理。
第一項第一款核定員額不含因宗教、家庭因素服替代役人數。
第一項第二款甄選簡章應說明替代役各類別之錄取員額、甄選資格、方式、服役期限、待遇及限制條件等事宜。