評鑑以書面評鑑為原則；必要時得採實地查證方式進行。績效評鑑分為自評、複評及核定等三階段，其辦理時程如下：
一、自評：災防科技中心應配合年度決算於會計年度終了後三個月內擬具年度營運績效報告，經董事會完成自評，並填具營運績效自評報告後，提送本會複評。
二、複評：本會評鑑會複評時，參酌前款營運績效自評報告及其他相關資料，於評鑑年度次年四月三十日前完成複評。
三、核定：本會應於評鑑年度次年五月三十一日前核定績效評鑑報告，送行政院備查。
年度績效評鑑報告於核定後二週內，由災防科技中心依政府資訊公開法相關規定主動公開。
本會應於評鑑年度次年八月三十一日前，就年度績效評鑑報告提出分析報告，送立法院備查。