本準則依水污染防治法（以下簡稱本法）第六十六條之一第二項規定訂定之。

環境檢驗測定機構（以下簡稱檢測機構）違反環境檢驗測定機構管理辦法（以下簡稱管理辦法），除依附表所列裁罰計算公式計算應裁處之罰鍰外，應依行政罰法第十八條第一項規定，審酌違反本法義務行為應受責難程度、所生影響，並得考量受處罰者之資力。但裁罰計算公式計算之罰鍰額度超過法定罰鍰最高額者，依法定罰鍰最高額裁處。

檢測機構違反管理辦法規定，除處罰鍰外，並通知限期補正或改善，屆期仍未補正或完成改善者，按次處罰；屬管理辦法第二十四條第二項各款規定所列違規情節重大情形之一者，得以本法所定最高法定罰鍰額度裁處之，並得令其停業、廢止其許可證或勒令歇業。

一行為違反管理辦法數個規定者，應先依附表所列情事分別計算罰鍰額度，再依罰鍰額度最高者裁處之。

數行為違反同一或不同管理辦法規定者，應分別處罰之。

檢測機構因違反本法義務行為而有所得利益，其所得利益產生於中華民國一百零四年二月六日本法修正施行前者，主管機關依行政罰法第十八條第一項規定，應審酌違反本法義務行為所得之利益，並依同條第二項規定酌量加重裁處，不受第二條法定罰鍰最高額之限制。

本準則自發布日施行。