本準則依水污染防治法施行細則第十五條第四項規定訂定之。
河川水質監測站設置以左列位置為原則：
一、重要污染源流入點。
二、主流與重要支流合流點。
三、重要水利用點。
四、可反映一般水質點。
五、其他必要點。
湖泊、水庫水質監測站設置以左列位置為原則：
一、重要污染源流入點。
二、河川流入點及湖水流出點。
三、重要水利用點。
四、可反映一般水質點。
五、其他必要點。
海域水質監測站設置以左列位置為原則：
一、主次要河川入海口。
二、重要污染源流入點。
三、港灣。
四、重要水利用點。
五、其他必要點。
地下水水質監測站設置以左列位置為原則：
一、重要污染源。
二、海水入侵地區。
三、其他污染潛勢較高之地區。
四、重要水利用點。
五、可反映一般水質點。
六、其他必要點。
河川之採樣頻率及部位，規定如左：
一、採樣頻率主要河川以每月一次為原則，其他河川以每季一次為原則，
並應選擇水質較穩定時為之。
二、採樣部位應考慮河川寬度、深度，以取得代表性水樣，並得加測流量
。
三、採樣宜由上游而下逐點取樣，於感潮河段宜於退潮時採樣。
湖泊、水庫之採樣頻率及部位，規定如左：
一、採樣頻率以每季一次為原則，並應考慮水體季節性變化調整之。
二、採樣時應考慮湖庫面積、深度及分層，以取得代表性水樣。
海域之採樣頻率及部位，規定如左：
一、採樣頻率以每季一次為原則。於河川入海口，以枯水期水質較差時為
原則。
二、採樣時應避免大潮或劇烈氣象變化時為之，並注意漲退潮之影響。
三、採樣時應考慮海域範圍、深度及分層，以取得代表性水樣。
地下水採樣頻率及採樣程序，規定如左：
一、採樣頻率以每季採樣一次為原則，有污染之虞者應提高其頻率。
二、採樣時應取得代表性水樣。
第六條至第九條之採樣方法由中央主管機關定之，必要時得由各級主管機
關定之。
主管機關委託檢驗測定機構或相關團體執行水質檢驗時，應要求先提出專
案計畫品保規劃書，經認可後確實執行。