本部掌理下列事項：
一、環境政策、制度之綜合規劃、法規研擬、推動及督導；環境永續發展、國際合作之政策規劃、執行及督導；環境科技發展、環境教育之政策規劃、法規研擬、執行及督導。
二、環境影響評估、綠生活轉型、環保產品管理、公害糾紛處理、環境保護許可管理之政策規劃、法規研擬、推動、執行及督導。
三、環境檢驗測定、環境保護人員訓練之政策規劃、法規研擬及指導。
四、空氣品質保護、空氣污染防制、室內空氣品質管理、噪音及振動管理、環境中非屬原子能游離輻射污染與光害管理之政策規劃、法規研擬、執行及督導。
五、水體品質保護、飲用水水質管理、水污染防治之政策規劃、法規研擬、推動、執行及督導。
六、環境資訊、環境品質監測與預報之政策規劃、整合、推動、執行及督導。
七、所屬機關辦理溫室氣體減量與氣候變遷調適、廢棄物清除處理、資源循環、化學物質管理及災害預防應變、環境管理及執法、土壤及地下水污染整治之督導、協調及推動。
八、所屬機構辦理環境治理、氣候變遷及資源循環之研究、檢測、鑑識、認證機構管理及人力發展之督導、協調及推動。
九、其他有關環境保護事項。