本中心掌理下列事項：
一、園區發展政策、策略與相關措施規劃之擬議，園區財務之計畫、調度及稽核。
二、園區事業研發、創新與育成之推動、產業人才之培訓、投資引進、招商宣傳、農業科技及其產品之國內外市場通路開發。
三、園區事業申請之審查、核准、廢止營運及創新技術研發計畫獎助之審核。
四、園區事業之營運、輔導、通用技術服務及營運業務狀況之查核。
五、園區事業、儲運與保稅業務之經營管理、輔導、資訊化發展與推動、走私預防及安全防護。
六、園區公共工程、建築工程之規劃設計、工程預算編列、工程招標、管考及列管。
七、園區土地、標準廠房、園區公有財產、公有建築、設備與公共設施之建設、維護、管理及收益。
八、園區環境保護工作之規劃及推動。
九、辦理農業科技園區設置管理條例第七條所定委任或委託事項。
十、其他有關園區管理及服務事項。