本署掌理下列事項：
一、森林、陸域野生動植物及棲地保育、自然地景、自然紀念物政策、法規、國際事務與科技發展之擬訂、執行及督導。
二、促進自然保育、生物多樣性維護、友善棲地營造、社區林業、森林資源建造維護、永續利用與生產管理、自然生態保育產業輔導、自然生態保育專業人員認證之政策規劃、執行及督導。
三、森林、棲地與自然資源調查監測、航遙測任務及資訊整合建置、國有林永續經營之規劃、執行及督導。
四、陸域自然保留區、自然保護區、野生動物保護區與野生動物重要棲息環境、地質公園、野生動植物與自然紀念物經營管理之規劃、執行及督導。
五、樹木保護、陸域野生物研究、森林生物與陸域特定野生動物危害防治、野生動物輸出入與管理、特定外來入侵種防除之規劃、執行及督導。
六、森林遊樂區、自然步道、林業文化園區、軌道設施、自然教育與生態旅遊之經營規劃、執行及督導。
七、森林保護、林地管理與保安林經營之規劃、執行及督導。
八、國有林集水區保育、治山防災、林道維護、森林育樂工程計畫之規劃、執行及督導。
九、所屬林業鐵路及文化資產機構之督導、協調及推動。
十、其他有關林業及自然保育事項。