本署掌理下列事項：
一、傳染病預防與管制（以下稱防疫）政策之規劃、執行及相關法規之研擬。
二、各種傳染病（以下稱疫病）之預防、控制、調查、研究及檢驗。
三、國內疫病之通報、疫情監視與國際疫情之蒐集及交換。
四、疫病爆發之因應整備及緊急應變處理。
五、防疫藥物、公費疫苗、生物製劑之供應及法定傳染病之預防接種。
六、國際港埠之疫病檢查（以下稱檢疫）與衛生管理及外籍勞工之衛生管理。
七、疫病檢驗方法之訂定及檢驗認證、生物安全管理。
八、防疫及檢疫專業人員之培訓。
九、防疫與檢疫業務之國際合作及交流。
十、其他有關疫病管制事項。