生技醫藥公司申請適用本條例第七條之投資抵減，新投資創立者應自公司設立登記之次日起六個月內，增資擴充者應辦理增資，並於公司變更登記之次日起六個月內，且於中華民國一百二十年十二月三十一日以前，檢具下列文件，向經濟部（以下簡稱本部）申請核發生技醫藥投資計畫核准函，逾期申請者，不予受理：

生技醫藥公司屬從事本條例第四條第一項第二款第二目業務者，以未上市、未上櫃公司，或自設立登記日當日起未滿十年之上市、上櫃公司為限，其依前項申請應檢附下列文件，逾期申請者，不予受理：

生技醫藥公司執行第一項或前項投資計畫，其研發成果或技術供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。

第一項及第二項應檢具之各類證明文件屬外文者，應經當地公證或認證機構公證或認證，並檢具經駐外機構驗證之中文譯本。

增資擴充之公司申請第一項或第二項生技醫藥投資計畫核准函，當次現金增資應以執行一個投資計畫為限。

本部於核發第一項及第二項生技醫藥投資計畫核准函時，應副知受理核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

營利事業原始認股或應募生技醫藥公司發行之股票，成為該公司記名股東達三年，且該生技醫藥公司未以該認股或應募金額，依其他法律規定申請免徵營利事業所得稅或股東投資抵減者，得以其取得該股票之價款百分之二十，自有應納營利事業所得稅之年度起，按原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該營利事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。

前項營利事業如為創業投資事業，其依規定原可抵減之金額，應由其營利事業股東依持有該創業投資事業股權比例計算可享投資抵減金額，自創業投資事業成為該生技醫藥公司記名股東第四年度起，按創業投資事業原始認股或應募年度順序，依序於五年內抵減該創業投資事業之營利事業股東各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該創業投資事業之營利事業股東當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。

前二項生技醫藥公司於中華民國一百十年十二月三十一日以前新投資創立或增資擴充，於一百十年十二月三十一日以前已依規定向本部申請核發生技新藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減金額不受前二項後段百分之五十限額限制；於一百十一年一月一日以後向本部申請核發生技醫藥投資計畫核准函者，其營利事業股東投資抵減應依前二項規定辦理。

開始抵減年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。

營利事業股東依本辦法申請抵減，應於辦理稅捐抵減年度之營利事業所得稅結算申報時，檢具營利事業股東投資抵減稅額證明書，向管轄稅捐稽徵機關辦理稅捐抵減。

第一項及第二項營利事業股東與被投資之生技醫藥公司相互間，如有藉投資資金或其他虛偽之安排，不當為他人或自己規避或減少納稅義務之情形，稅捐稽徵機關為正確計算該營利事業之課稅所得額及應納稅額，得依查得資料，按實際交易事實依法予以調整。

生技醫藥公司應於其營利事業股東以現金繳納股票價款當日起滿三年之次年一月底前，或本辦法中華民國一百十一年八月三十日修正發布日當日起四個月內，檢具下列文件，向公司所在地之稅捐稽徵機關申請核發營利事業股東投資抵減稅額證明書，逾期申請者，不予受理：

前項生技醫藥公司之營利事業股東屬創業投資事業者，該創業投資事業之營利事業股東，應提供下列文件，供生技醫藥公司依本條例第七條第三項規定，向公司所在地之稅捐稽徵機關提出前項申請：

生技醫藥公司依前二項規定應檢送之資料如有缺漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正或補正未完全者，不予受理。

稅捐稽徵機關應於第一項受理申請日或前項生技醫藥公司檢齊文件之日起二個月內，將申請結果函復該公司，其經核准者，應併同核發營利事業股東投資抵減稅額證明書。

生技醫藥公司應於稅捐稽徵機關核發營利事業股東投資抵減稅額證明書送達之次日起一個月內，發給第一項及第二項股東營利事業股東投資抵減稅額證明書。

經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，應於該核准函核發之次日起五年內完成投資計畫，並於投資計畫完成日之次日起六個月內檢具相關文件，依下列規定申請核發完成證明，逾期申請者，不予受理：

前項核發完成證明機關於核發完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，未能於本部核發核准函之次日起五年內完成投資計畫，或投資計畫項目變更者，應於期限屆滿前，向本部申請延長或變更；全程計畫完成期限不得超過六年。

本部核定計畫延長或項目變更時，應副知核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

生技醫藥公司未能依第一項規定期限完成投資計畫者，應於期限屆滿後六個月內，通知本部無法完成投資計畫，本部於核復時，應副知核發完成證明機關、財政部賦稅署及公司所在地稅捐稽徵機關。

生技醫藥公司依第六條規定申請核發完成證明時，應檢具下列文件：

生技醫藥公司申請核發完成證明時，未能檢具前項第三款相關文件者，第六條第一項核發完成證明機關於接獲申請案後，得請本部邀請生技醫藥公司審定辦法第二條第二項機關代表及學者專家召開專案會議提供諮詢意見。

生技醫藥公司投資計畫之試驗項目應符合藥事法、農藥管理法、動物用藥品管理法、醫療器材管理法或其他相關法規規定；其設備安裝地點位於都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；位於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。

生技醫藥公司依第六條規定申請核發完成證明經核發完成證明機關否准，或依第七條第三項規定取具本部核復函，或未依第六條第一項規定期限申請核發完成證明，或未依第七條第三項規定通知本部者，應分別自否准函、核復函送達、第六條第一項規定六個月申請期限屆滿或第七條第三項規定六個月通知期限屆滿之次日起，於六個月內向所在地稅捐稽徵機關申請註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。

生技醫藥公司取得完成證明，屬新投資創立者，於設立登記之日起七年內；其屬增資擴充者，於增資變更登記之日起七年內，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用投資抵減，應由生技醫藥公司自公司減資變更登記之次日起六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷營利事業股東投資抵減稅額證明書。

生技醫藥公司有前二項規定之情事，且其營利事業股東已依本條例第七條列報抵減稅額者，其營利事業股東應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。

生技醫藥公司營利事業股東未依前項規定補繳及加計利息者，應由稅捐稽徵機關追繳其已抵減之稅額並依前項規定加計利息。

生技醫藥公司之營利事業股東取得營利事業股東投資抵減稅額證明書並依第四條規定適用投資抵減，有下列情形之一者，應由稅捐稽徵機關追繳該股東已依本條例第七條規定抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：

經核發生技醫藥投資計畫核准函之生技醫藥公司，其依核准之投資計畫所募集之資金，以於投資計畫期間支應該投資計畫所需者為限。

前項所稱支應該投資計畫所需者，指與該投資計畫有關之下列支出：

第一項所募集之資金於投資計畫期間，未全數支應該投資計畫所需者，其可適用營利事業股東投資抵減之金額，應按已支應該投資計畫之金額占所募集資金之比率計算之。

稅捐稽徵機關於審查第二項與該投資計畫有關之支出時，對生技醫藥公司申報之支出內容或相關事項有疑義者，得請各中央目的事業主管機關協助認定。

本辦法自中華民國一百十一年一月一日施行至一百二十年十二月三十一日止。

本辦法中華民國一百十二年十一月十六日修正發布條文，自發布日施行至一百二十年十二月三十一日止。