本部之次級機關及其業務如下：
一、商業發展署：商業服務業政策之規劃與推動、輔導、發展及管理事項。
二、產業發展署：產業政策之規劃與推動、產業管理及發展事項。
三、國際貿易署：國際貿易政策之規劃與執行、貿易推廣及管理事項。
四、能源署：能源政策之規劃、執行及管理事項。
五、中小及新創企業署：中小及新創企業政策之規劃與執行、輔導及發展事項。
六、水利署：水利政策之規劃、執行及管理事項。
七、智慧財產局：專利權、商標權、著作權與其他智慧財產權之審查、登記、管理、保護及宣導事項。
八、產業園區管理局：產業園區與科技產業園區之規劃、開發、招商、營運及管理事項。
九、標準檢驗局：國家標準、商品檢驗、度量衡之推動、管理及宣導事項。
十、地質調查及礦業管理中心：地質調查及礦產土石資源之規劃、執行及管理事項。