國家海洋科技營運中心（以下簡稱本中心）設董事會，置董事十一人至十五人，其中一人為董事長，由海洋委員會（以下簡稱海委會）就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關（構）代表。
二、海洋及船舶研究、法律、財務相關之學者、專家。
前項第一款董事，不得低於董事總人數二分之一。
本中心置監事三人至五人，由海委會就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關（構）代表。
二、海洋及船舶研究、法律、會計或財務相關之學者、專家。
前項監事應互選一人為常務監事。
第一項董事及第三項監事，任一性別分別不得少於其總人數三分之一。