本法所稱主管機關：在中央為海洋委員會；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。

前項直轄市、縣（市）主管機關之管轄範圍，由中央主管機關公告之。

本法所定海洋保護區之類型，包括下列地區之海域或該海域與其毗連之陸域：

中央主管機關得認定海洋保護區以外其他有效保育措施之區域；其認定標準，由中央主管機關定之。

中央主管機關應會同各中央目的事業主管機關訂定整體海洋保護區管理政策方針，報請行政院核定後實施；其變更時，亦同。

前項整體海洋保護區管理政策方針內容，應包括下列事項：

第一項整體海洋保護區管理政策方針實施後，中央主管機關應每五年至少檢討一次。

依其他法律規定劃設之海洋保護區，其保護區名稱、內容、劃設程序、辦理機關及管理事項從其規定，納入整體海洋保護區管理政策方針之一部。

整體海洋保護區管理政策方針涉及相關機關執行有疑義時，得由中央主管機關協調；協調不成者，報請行政院決定之。

中央主管機關得就海洋生態系統有特別保護必要，且未經其他主管機關劃設為海洋保護區者，劃定為海洋庇護區。

中央主管機關為辦理前項業務，應設審議會，由專家學者、原住民、漁民團體、保育團體等民間團體及有關機關代表組成，其中不具官方身分之代表人數不得少於委員總人數二分之一，原住民及漁民團體之代表總人數，不得少於委員總人數三分之一。

審議會之決議，以委員過半數之出席，出席委員超過三分之二同意行之。

海洋庇護區之核心區劃定，致該區域之既有使用人遭受特別犧牲之損失者，應予補償。

第一項海洋庇護區之劃定基準、變更、廢止程序、第二項審議會之設置、組成、運作與前項補償之條件、基準及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

中央主管機關劃定海洋庇護區後，應會商有關機關，擬訂海洋庇護區保育計畫，並公開展覽三十日及舉行公聽會；其變更或廢止時，亦同。

前項公開展覽與公聽會之日期及地點，應登載於政府公報、新聞紙、網際網路或以其他適當方法廣泛周知。人民、法人或團體得於公開展覽期間內，以書面載明姓名或名稱及地址，向中央主管機關提出意見。

中央主管機關應於公告實施海洋庇護區保育計畫後，將計畫登載於政府公報、新聞紙、網際網路或以其他適當方法廣泛周知。

任何人及海陸域交通工具禁止進入海洋庇護區之核心區。但有下列情形之一者，不在此限：

前項第四款申請同意之程序、應檢附文件、審議作業、廢止同意及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。

海洋庇護區之緩衝區內，非經中央主管機關許可，禁止從事下列行為。但符合前條第一項但書第一款或第二款情形者，不在此限：

從事前項第一款或第二款行為，符合中央主管機關公告之一定種類、數量、方式、範圍或期間等條件者，免申請許可。

為保育海洋生物，中央主管機關應會商其他目的事業主管機關，公告下列事項：

中央主管機關辦理前項業務，準用第八條第二項規定。

為執行海洋生物資源調查或海洋庇護區保育計畫，主管機關或受託機關（構）、法人、團體得派員出示證明文件，進入公、私有土地、處所或海域進行調查及實施保育措施；其涉及軍事機密者，應會同該管軍事機關為之。

前項情形，公、私有土地、處所或海域之所有人、使用人或管理人不得規避、妨礙或拒絕。

進行第一項調查或實施各項保育措施，遇設有圍障之土地或實施各項保育措施時，主管機關應事先通知公、私有土地、處所或海域之所有人、使用人或管理人；通知未能送達時，得以公告方式為之。

調查機關（構）、法人、團體或保育人員，進行調查或實施各項保育措施，應恪遵正當法律程序，以符合比例原則之方式為之，對於受檢之工商軍事秘密，應予保密。

為進行第一項調查或實施各項保育措施，致公、私有土地、處所或海域之所有人、使用人遭受特別犧牲之損失者，應予補償。

進行第一項調查或實施各項保育措施之方式、通知、補償之條件、基準及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

主管機關得指派海洋保育觀察員，在船舶、海洋設施、海域工程或其周圍，從事觀察、監測及蒐集資料等任務；必要時，得請求海岸巡防機關或警察機關協助。

前項情形，船舶、海洋設施或海域工程之所有人、使用人或管理人，不得規避、妨礙或拒絕。

海洋保育觀察員執行觀察、監測及蒐集資料等任務時，得由船舶、海洋設施或海域工程之所有人、使用人或管理人提供往返交通工具。

第一項海洋保育觀察員之資格取得、訓練、管理、廢止資格及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

執法人員、民眾、法人或團體主動參與或協助主管機關取締、舉發本法違法事件者，主管機關得予獎勵。

主管機關對於前項主動參與或協助主管機關取締、舉發之人身分應予保密。

第一項獎勵之對象、基準、範圍及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

為執行海洋生物復育，主管機關或中央目的事業主管機關得依海洋生物復育措施辦理原則，自行或委託其他機關（構）、法人、漁會或團體辦理下列復育措施：

前項以外之機關（構）、自然人、法人或團體自行辦理復育措施前，應依前項海洋生物復育措施辦理原則，提出復育計畫，報經主管機關同意後，始得為之。

第一項海洋生物復育措施辦理原則，由中央主管機關會同中央漁業主管機關定之。

違反第十條第一項規定，進入海洋庇護區之核心區者，處行為人、海陸域交通工具駕駛人或船長新臺幣五萬元以上五十萬元以下罰鍰。

誤入海洋庇護區之核心區，經勸導駛離者，不罰。但其為最近二年內經勸導又再違反者，不在此限。

違反第十條第一項、第十一條第一項、第十二條規定或第十四條第一項公告事項者，主管機關應令其接受二小時以上十二小時以下之海洋保育講習課程。

前項海洋保育講習課程，應包含原住民族知識以及原住民族生物多樣性課程。

拒不接受第一項海洋保育講習課程或時數不足者，處新臺幣三千元以上一萬元以下罰鍰，經通知令其限期接受講習或補足時數仍不接受或未補足時數者，得按次處罰至其接受講習或補足時數為止。

第一項海洋保育講習課程之內容、實施之對象、方式及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

違反本法規定，經依第二十一條至第二十三條規定處罰者，其損害部分應回復原狀；不能回復原狀或回復顯有重大困難者，應賠償其損害。

為調查回復原狀所支出之必要費用，由賠償義務人負擔。

行為人違反本法或依本法授權訂定之法規命令而主管機關疏於執行時，受害人民或公益團體得敘明疏於執行之具體內容，以書面告知主管機關。主管機關於書面告知送達之日起六十日內仍未依法執行者，受害人民或公益團體得以該主管機關為被告，對其怠於執行職務之行為，直接向高等行政法院提起訴訟，請求判令其執行。

高等行政法院為前項判決時，得依職權判命被告機關支付適當律師費用、鑑定費用或其他訴訟費用予對維護海洋保育有具體貢獻之原告。

第一項之書面告知格式，由中央主管機關會商有關機關公告之。