排水進入重要濕地之入流水水質項目及限值如下表。但重要濕地為以污水處理為目的之人工濕地者，或該流域已有相關污染整治計畫者，依該計畫內容規定：
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│ │ 限值 │ │
│項目├─────┬─────┬─────┤ 備註 │
│ │ 國際級 │ 國家級 │ 地方級 │ │
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│水溫│不得超過本法第十五條第一項第四款水│以重要濕│
│ │資源系統中水體基礎調查之當季平均溫│地範圍或│
│ │度攝氏正、負二度。 │重要濕地│
├──┼─────┬─────┬─────┤保育利用│
│氨氮│五點零（毫│七點五（毫│八點五（毫│計畫指定│
│ │克／公升）│克／公升）│克／公升）│重要濕地│
├──┼─────┼─────┼─────┤內之地點│
│硝酸│二十五點零│三十七點五│四十二點五│為準。 │
│鹽氮│（毫克／公│（毫克／公│（毫克／公│ │
│ │升） │升） │升） │ │
├──┼─────┼─────┼─────┤ │
│總磷│二點零（毫│二點零（毫│二點零（毫│ │
│ │克／公升）│克／公升）│克／公升）│ │
├──┼─────┼─────┼─────┤ │
│生化│十五點零（│二十二點五│二十五點五│ │
│需氧│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公│ │
│量 │） │升） │升） │ │
├──┼─────┼─────┼─────┤ │
│化學│五十點零（│七十五點零│八十五點零│ │
│需氧│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公│ │
│量 │） │升） │升） │ │
├──┼─────┼─────┼─────┤ │
│懸浮│十五點零（│二十二點五│二十五點五│ │
│固體│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公│ │
│ │） │升） │升） │ │
├──┼─────┴─────┴─────┤ │
│酸鹼│不得超過本法第十五條第一項第四款水│ │
│值 │資源系統中水體基礎調查之平均值正、│ │
│ │負一。 │ │
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符合重要濕地保育利用計畫允許明智利用項目之新建建築物，其入流水項目及限值得依放流水標準相關規定辦理。
前二項入流水項目及限值於重要濕地保育利用計畫另有較嚴格之規定者，從其規定。
第一項入流水限值檢測方法，依水污染防治法及相關規定辦理。