依本條例第三十五條規定，於中華民國九十一年六月三十日前經主管機關許可，經由在第三地區投資設立之公司或事業在大陸地區投資之臺灣地區法人、團體或其他機構，自中華民國九十一年七月一日起所獲配自第三地區公司或事業之投資收益，不論該第三地區公司或事業用以分配之盈餘之發生年度，均得適用本條例第二十四條第二項規定。
依本條例第三十五條規定，於中華民國九十一年七月一日以後經主管機關許可，經由在第三地區投資設立之公司或事業在大陸地區投資之臺灣地區法人、團體或其他機構，自許可之日起所獲配自第三地區公司或事業之投資收益，適用前項規定。
本條例第二十四條第二項有關應納稅額扣抵之規定及計算如下：
一、應依所得稅法規定申報課稅之第三地區公司或事業之投資收益，指第三地區公司或事業分配之投資收益金額，無須另行計算大陸地區來源所得合併課稅。
二、所稱在大陸地區及第三地區已繳納之所得稅，指：
（一）第三地區公司或事業源自大陸地區之投資收益在大陸地區繳納之股利所得稅。
（二）第三地區公司或事業源自大陸地區之投資收益在第三地區繳納之公司所得稅，計算如下：
第三地區公司或事業當年度已繳納之公司所得稅×當年度源自大陸地區之投資收益╱當年度第三地區公司或事業之總所得。
（三）第三地區公司或事業分配之投資收益在第三地區繳納之股利所得稅。
三、前款第一目規定在大陸地區繳納之股利所得稅及第二目規定源自大陸地區投資收益在第三地區所繳納之公司所得稅，經取具第四項及第五項規定之憑證，得不分稅額之繳納年度，在規定限額內扣抵。
臺灣地區法人、團體或其他機構，列報扣抵前項規定已繳納之所得稅時，除應依第五項規定提出納稅憑證外，並應提出下列證明文件：
一、足資證明源自大陸地區投資收益金額之財務報表或相關文件。
二、足資證明第三地區公司或事業之年度所得中源自大陸地區投資收益金額之相關文件，包括載有第三地區公司或事業全部收入、成本、費用金額等之財務報表或相關文件，並經第三地區或臺灣地區合格會計師之簽證。
三、足資證明第三地區公司或事業分配投資收益金額之財務報表或相關文件。
臺灣地區人民、法人、團體或其他機構，扣抵本條例第二十四條第一項及第二項規定之大陸地區及第三地區已繳納之所得稅時，應取得大陸地區及第三地區稅務機關發給之納稅憑證。其屬大陸地區納稅憑證者，應經本條例第七條規定之機構或民間團體驗證；其屬第三地區納稅憑證者，應經中華民國駐外使領館、代表處、辦事處或其他經外交部授權機構認證。
本條例第二十四條第三項所稱因加計其大陸地區來源所得，而依臺灣地區適用稅率計算增加之應納稅額，其計算如下：
一、有關營利事業所得稅部分：
（臺灣地區來源所得額＋本條例第二十四條第一項規定之大陸地區來源所得＋本條例第二十四條第二項規定之第三地區公司或事業之投資收益）×稅率＝營利事業國內所得額應納稅額。
臺灣地區來源所得額×稅率＝營利事業臺灣地區來源所得額應納稅額。
營利事業國內所得額應納稅額－營利事業臺灣地區來源所得額應納稅額＝因加計大陸地區來源所得及第三地區公司或事業之投資收益而增加之結算應納稅額。
二、有關綜合所得稅部分：
〔（臺灣地區來源所得額＋大陸地區來源所得額）－免稅額－扣除額〕×稅率－累進差額＝綜合所得額應納稅額。
（臺灣地區來源所得額－免稅額－扣除額）×稅率－累進差額＝臺灣地區綜合所得額應納稅額。
綜合所得額應納稅額－臺灣地區綜合所得額應納稅額＝因加計大陸地區來源所得而增加之結算應納稅額。