保護機構之會計年度採曆年制。
保護機構應按月或按期將保護業務成果及會計報告報請主管機關備查。
保護機構應於每年七月三十一日前，訂定次年度之工作計畫，編列預算，提經董事會通過後，報請主管機關備查；並於年度結束後，編製上年度工作成果併同監察人查核後之收支決算及財產清冊，於四月十五日前報請主管機關備查。
前項應送主管機關之工作計畫、經費預算、工作報告及財務報表之格式、項目、編製方式、應記載事項及其他應遵行事項，應依主管機關訂定之辦法為之。
主管機關應要求保護機構每年三月前提出年度績效目標，並於次年五月三十一日前辦理該年度績效評估作業。
前項績效目標應於年度工作計畫中敘明，報請主管機關備查，其績效評估結果並得作為人事調整及補（捐）助之參考。