主管機關或農業金融中央主管機關勒令要保機構停業時，應即指定存保公司為清理人進行清理，其清理適用銀行法有關清理之規定。
存保公司為因應停業要保機構債權人流動性需要，在不增加該公司辦理第二十八條第一項各款所生成本，於計算停業要保機構資產價值後，得對超過最高保額之存款保險標的債權及非存款保險標的債權預估可能獲償之比例予以墊付。該項墊付額應按受墊付債權之受償順位分項列計，於各該受墊付債權之最後可受分配金額中先行扣除並償還存保公司。
前項對超過最高保額之存款保險標的債權及非存款保險標的債權預估可能獲償之比例，其計算及作業辦法，由存保公司擬訂，報請主管機關核定發布。