本總局得視勤務需要，設十個甲種編制海巡隊，六個乙種編制海巡隊，二至四個機動海巡隊，並得分組辦事。
甲種編制海巡隊置隊長十人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長十人，職務列薦任第九職等或警正；組主任三十人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員六十人，分隊長一百一十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長二百人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；技佐二十人，職務列委任第四職等至第五職等，其中十人，職務得列薦任第六職等；隊員一千二百五十人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中六百二十五人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員十人，職務列委任第三職等至第五職等；書記九人，職務列委任第一職等至第三職等。
乙種編制海巡隊置隊長六人，職務列薦任第九職等或警正；副隊長六人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；組主任十二人，職務列薦任第八職等至第九職等或警正；科員十八人，分隊長三十人，職務均列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；技士六人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；小隊長三十人，職務列委任第四職等至第五職等或薦任第六職等或警佐或警正；隊員二百九十四人，職務列委任第三職等至第五職等或警佐，其中一百四十七人，職務得列薦任第六職等或警正；辦事員六人，職務列委任第三職等至第五職等；書記六人，職務列委任第一職等至第三職等。
機動海巡隊置隊長二人至四人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監；副隊長二人至四人，職務列薦任第九職等或警正；組主任六人至十二人，視察二人至四人，職務均列薦任第八職等至第九職等或警正；專員四人至八人，職務列薦任第七職等至第八職等或警正；科員十人至二十人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等或警佐或警正；辦事員八人至十六人，職務列委任第三職等至第五職等。置艦長十六人至二十人，職務列薦任第七職等至第九職等，其中八人至十人，職務得列簡任第十職等；輪機長十六人至二十人，大副十六人至二十人，職務均列薦任第七職等至第九職等；報務主任三人至七人，艦艇駕駛員四十八人至六十人，艦艇機師四十八人至六十人，職務均列薦任第六職等至第八職等；報務員三人，職務列委任第五職等或薦任第六職等至第七職等；技術助理員五十二人至八十八人，職務列委任第三職等至第五職等；技術生七十五人至一百四十五人，職務列委任第一職等至第三職等。