本法所定事項，涉及中央各目的事業主管機關職掌者，由中央各目的事業主管機關辦理；其權責劃分如下：
一、法務主管機關：人口販運罪之偵查與起訴之規劃、推動及督導。
二、衛生福利主管機關：人口販運被害人指定傳染病篩檢、就醫診療、驗傷與採證、心理諮商與心理治療、居住臺灣地區設有戶籍國民之人口販運被害人安置保護之規劃、推動及督導。
三、勞動主管機關：人口販運被害人就業服務、就業促進與保障、勞動權益與職場安全衛生等政策、法規與方案之擬訂、修正、持有工作簽證人口販運被害人之安置保護、工作許可核發之規劃、推動、督導及執行。
四、海岸巡防主管機關：人口販運案件之查緝與犯罪案件之移送、人口販運被害人之救援、鑑別、人口販運被害人人身安全保護之規劃、推動、督導及執行。
五、大陸事務主管機關：人口販運案件涉及大陸地區、香港或澳門及其相關事項之協調、聯繫及督導。
六、外交主管機關：人口販運案件與人口販運防制涉外事件之協調、聯繫、國際情報交流共享、雙邊國家與非政府組織合作之規劃、推動及督導。
七、農業主管機關：人口販運被害人屬我國籍漁船經營者境外僱用非我國籍船員之勞動權益及其他必要協助事項。
八、交通主管機關：人口販運之交通保護措施規劃及其他必要協助事項。
九、教育主管機關：各級學校之人口販運防制政策教育、知識宣導及其他必要協助事項。
十、其他人口販運防制措施，由各相關目的事業主管機關依職權規劃辦理。