再生水經營業，以公司組織為限。但政府機關得以基金方式運作之。
申請籌設再生水經營業，除依前項規定以基金方式運作者外，應檢具申請書、資本額證明文件，向直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關申請籌設許可，取得許可後，始得辦理公司設立或變更登記。
再生水經營業興辦再生水開發案，應檢具再生水興建及營運計畫書、公司證明等文件，向直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關申請興建許可，並取得廢（污）水或放流水使用許可後，始得施工。施工中如有進度落後，應檢附原因說明，報直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關申請工期展延。
再生水開發案於興建完成後，應報請直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關查驗；經查驗合格，取得營運許可後，始得營運。
經許可之再生水興建及營運計畫書，於施工中或完工後如有變更，應檢附相關文件報直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關許可；其變更涉及水質、水量、供水期程、供水區域或興辦人者，應另加附變更計畫。
直轄市、縣（市）主管機關或特定園區目的事業主管機關應將前四項之許可文件，報請中央主管機關備查。
第二項至第五項規定之申請書、計畫書、相關文件、各項許可與變更之程序、條件、廢（污）水或放流水使用許可年限、工期展延、審議規範、許可文件發給、查驗項目及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。