依本條例第十八條第二項規定,自由港區事業辦理有關貨物進儲、提領之帳務處理事項如下:
一、貨物進儲及提領時,應即登錄貨物帳,依供營運貨物及自用機器、設備二類分設帳冊。
二、帳冊內容應包括料號、貨物名稱、型號、規格、進出倉單證號碼、輸出入區或區內交易憑證號碼、進出倉日期、時間、數量及結存數量。
三、自用機器、設備於運入滿五年後,得自行除帳,其尚未出區者,仍應列帳管理。
四、自用機器、設備之消耗性物料,事先向海關報備核准者,得憑領用數除帳。
五、進儲供修理之營運貨物,其使用之零、組件,因情況特殊,無法編製單位用料清表時,應檢附說明文件於修理前向海關申請,經核准者,得依領用數除帳,並應於次月五日前提供實際領用數清表供海關備查;未依規定申請辦理者,不得依領用數除帳。
六、存儲之貨物,因貨物之性質自然短少,其短少部分經海關查明屬實者,得予除帳。
七、進儲貨物之存儲期間不受限制。但儲存逾二年貨物,於必要時應列印報表以備海關查核。
八、自由港區事業應設有列印相關帳冊、表報之電腦必要設備,可供海關遠端查核並得擷取有關資料。
九、自由港區事業貨物輸往課稅區或受理課稅區廠商委託辦理加工、修理、檢驗、測試有添加未稅原料案件經海關核准按月彙報者,應設置「自由港區事業貨物輸往課稅區按月彙報保證金循環使用紀錄」,並隨時登錄保證金繳納、出貨日期、廠商名稱、貨品名稱、規格、型號、料號、數量、貨價及預估稅額等,在保證金額度內分批提領出區。於辦理彙報並經海關放行後,依原預扣稅額逐項恢復保證金額度。