土地所有權人於依第三條規定劃定範圍內重購有利於新市鎮發展產業營業所需土地，申請依本條例第二十四條第一項第二款規定退還已納土地增值稅者，應由土地所有權人檢同原出售及重購土地向地政機關辦理登記時之契約文件及合於重購退稅之相關證明文件影本，向原出售土地所在地之主管稽徵機關申請辦理。
重購土地及出售土地不在同一直轄市、縣（市）者，依前項規定受理申請退稅之主管稽徵機關，應函請重購土地所在地主管稽徵機關查明有關資料後再憑辦理；其經核准退稅後，應即將有關資料通報重購土地所在地主管稽徵機關。
重購土地所在地之主管稽徵機關對已核准退稅之案件及前項受通報之資料，應裝冊保管，每年應定期清查，發現重購土地自完成移轉登記起五年內再轉讓或經會同相關主管機關認定改作非獎勵範圍內產業之用途者，應追繳原退還稅款。