進出口貨棧及貨櫃集散站自主管理事項包括下列各項：
一、進、出口及轉口共同作業項目：
（一）巡視貨櫃集散站或進出口貨棧。
（二）啟閉進出口貨棧門鎖。
（三）檢查空貨櫃（含航空貨櫃）進站（棧）儲存。
（四）檢查空貨櫃（含航空貨櫃）放行出站（棧）。
（五）貨櫃（物）查驗、檢驗（疫）配合作業。
（六）貨櫃（物）借道通行作業。
（七）修復、更換實貨櫃作業。
（八）進、出口及轉口貨物加做或更正標記、箱號。
（九）進、出口及轉口貨物看樣、取樣與公證及必要之維護。
（十）更正貨櫃標誌、號碼。
（十一）報告違章、異常案件。
（十二）查對、登記扣存或沒入貨物。
（十三）編製貨櫃堆放動態表。
（十四）登載存貨簿冊及製作存倉貨物日報表。
（十五）海上走廊轉運貨櫃裝卸船作業。
（十六）使用海關封條（含電子封條）加封、核銷作業。
（十七）貨櫃動態電子資料傳輸之查核作業。
（十八）其他經海關核發准單所指示及依關務法規有關規定應辦理事項。
二、進口作業項目：
（一）進口貨櫃進站儲存。
（二）進口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。
（三）點驗進口貨物進倉。
（四）進口貨櫃（物）放行提領出站（棧）。
（五）退運進口貨櫃（物）放行出站（棧）。
（六）加封保稅貨櫃（物）放行出站（棧）。
（七）進口貨櫃（物）移站（棧）轉儲。
（八）進口貨櫃（物）轉運其他關區作業。
（九）其他關區轉運進口貨櫃（物）進站（棧）。
（十）簽證破損貨物報告。
（十一）簽證短卸、溢卸報告。
（十二）進口貨物銷毀、破壞作業。
（十三）進口食品加貼中文標示作業。
（十四）查對、登記逾期貨物或聲明放棄貨物。
（十五）查對存站（棧）已列拍賣清單貨物。
（十六）核對扣押或逾期貨物放行通知單並簽章放行。
（十七）機場管制區內進口貨物移倉。
三、出口作業項目：
（一）出口貨櫃（物）進站（棧）儲存。
（二）簽證出口貨物進倉證明書並督促傳輸進倉資料至海關。
（三）簽證保稅貨櫃（物）退運出口進站（棧）。
（四）簽證退運進口貨櫃（物）進站（棧）。
（五）已放行出口貨物裝櫃打盤出倉。
（六）加封已放行出口實貨櫃。
（七）已放行出口實貨櫃加裝、分裝、改裝出口貨物。
（八）合裝出口貨物先行裝櫃進站（棧）。
（九）出口貨物重新包裝、加裝或打件進站（棧）。
（十）列印放行貨櫃清單辦理出站（棧）。
（十一）出口貨櫃放行出站作業。
（十二）出口貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）及貨櫃清單處理作業。
（十三）查對出口退關（倉）貨物及註銷報關貨物。
（十四）出口退關（倉）貨物提領出站（棧）。
（十五）「外銷國產貨櫃」進站並簽發進站證明書。
四、轉口作業項目：
（一）轉口貨櫃進儲或轉儲。
（二）轉口貨櫃加裝、分裝、改裝或轉口貨物加裝於出口貨櫃。
（三）轉口貨櫃裝船出口。
（四）境外航運中心貨櫃（物）進儲與裝船出口。
（五）轉口貨物進倉、出倉、打盤或裝櫃作業。
（六）轉口貨物拆包、分批或加貼航空（郵）標籤作業。
（七）海空聯運轉口貨物打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。
（八）空海聯運或空運經內陸轉口貨物出倉、進倉、打盤、裝櫃、變更貨物包裝及標記。